Первые упоминания о церкви Иоанна Златоуста относятся к 1628 году. Читая костромскую писцовую книгу, мы узнаем, что раньше на этом месте было два храма. Один – во имя святых мучеников Флора и Лавра. В нем проводили службы зимой. В другом – во имя Иоанна Златоуста – службы проходили летом. «Летний» храм сгорел. Предполагают, что царь Михаил Федорович Романов в 1619 году, совершая паломничество в Макариево – Унженский, посетил Кострому. Прихожане храма святых Фрола и Лавра обратились к Михаилу с просьбой о помощи. И царь помог прихожанам в строении и украшении храма. Позже, в 1628 году храм Иоанна Златоуста выстроили заново, а в 1751 году на месте деревянного возвели каменный храм во имя святителя Иоанна Златоуста. На строительство этого храма пожертвовал деньги купец Иван Семенович Аравин. Службы в нем проводились так же только летом. Сорок лет каменный и деревянный храмы стояли бок о бок. В конце 18 века было решено вместо обветшалого Фроло – Лавровского храма пристроить к храму Иоанна – Златоуста теплый придел и колокольню. Богатейшие купцы того времени – братья Дурыгины пожертвовали на строительство деньги. Старший брат – Дмитрий Петрович Дурыгин в конце 18 века был «городской голова» и много сделал для восстановления Костромы после пожара 1773 года. Благодаря этим меценатам, церковь Иоанна Златоуста была перестроена.
В советскую эпоху храм пытались много раз закрыть. В 1922 году были изъяты церковные ценности, которые пожертвовали храму прихожане: окладов для икон, священных сосудов и лампад - общим весом в 7 пудов 13 фунтов (свыше 117 килограммов). Но храм избежал закрытия и более того, в нем никогда не прерывалось богослужение. А около тридцати лет храм на Лавровской был кафедральным собором Костромской епархии. Это был центр духовной жизни всего костромского края. А в 1959 – 1961 годах в соборе служил исполнявший тогда обязанности управляющего Костромской епархией архиепископ Пимен (Извеков) - в 1971-1990 годах Святейший Патриарх Московский и всея Руси.
Храм Иоанна Златоуста знаменит еще тем, что с 1946 – 1964 год в нем хранилась чудотворная икона Федоровской Божией Матери.
Сегодня при Иоанно Златоустовском храме работает воскресная школа, приходской дом, построили здание богадельни. В настоящее время церковь во имя святителя Иоанна Златоуста продолжает действовать как приходской храм, любимый многими православными костромичами.
Следует немного рассказать о том, что это за человек был Иоанн Златоуст, и почему его так любят и почитают на Руси. Златоустом его прозвали потому, что превзошел всех в толковании Слова Божия. Он толковал целые книги священного писания (Бытия, Псалтирь, Евангелия от Матфея и Иоанна, Послания апостола Павла). Им написаны множество бесед на отдельные тексты святой Библии, поучения на праздники, в похвалу святых. Он не только поучал и наставлвлял, но и на деле заботился о бедных. При нем в церкви питались каждый день «3000 дев и вдовиц, не считая заключенных, странников и больных». А когда он стал архиепископом, то средства, предназначавшиеся ему, он тратил на содержание больниц и гостиниц для паломников. Сам в это время довольствовался скудной пищей и даже отказывался от приглашений на обеды. 30 сентября 2001 года церковь торжественно отметила 250-летие.