Костромская духовная семинария была основана при Ипатьевском монастыре в 1747 году Костромским епископом, выдающимся богословом Сильвестром ( Кулябкой ). За время существования семинарии из ее стен вышло немало видных деятелей РПЦ: митрополитов, архиепископов, ректоров Духовных Академий и семинарий, богословов, церковных историков, просветителей, огромное количество рядовых служителей Церкви - городских и сельских священников. (Диограмма с изображением растущего из здания семинарии ветвистого дерева, на ветвях которого обозначены имена наиболее прославленных её выпускников).Наряду с основными предметами: литургикой, гомилетикой, богословием, Св.Писанием, церковным пением, иконописанием, церковной историей семинаристы изучали латинский , греческий, древнееврейский, немецкий и французский языки, гражданскую историю, философию, словесность, математику, психологию, логику. Фундаментальная библиотека считалась одной из самых богатых в Костромском крае. С 1887 г. при семинарии действовала образцовая церковно- приходская школа, хор духовной семинарии считался одним из лучших в епархии. Семинария была центром епархиальной жизни: здесь проходили епархиальные съезды духовенства, собрания Церковно-Исторического общества. Семинарию посещали приезжавшие в Кострому видные деятели Церкви. (5окт. 1902 г. семинария принимала в своих стенах протоиерея Иоанна Кронштадтского). В июле 1918 г. семинария была закрыта. Многие преподаватели и выпускники приняли в советское время мученическую смерть в лагерях и тюрьмах.
Возрождение семинарии началось в результате потепления церковно-государственных отношений после перестройки, благодаря заслугам Архиепископа Костромского и Галичского Александра (Могилёва), назначенного 1 сент.1989 г. на костромскую кафедру. 1 окт. 1990г. при соборной церкви Воскресения Христова на Н. Дебре открылось епархиальное училище-прообраз будущей семинарии. Ректором училища стал протоиерей Александр Андросов, выпускник Ленинградской Духовной Академии 1984г., под руководством которого прошли первые годы становления училища. (с1996г.о.Александр Андросов работает в представительстве РПЦ в США). В 1991г. духовное училище разместилось в здании Богоявленско-Анастасииного женского монастыря (бывший трапезный корпус). 17 июля 1996г., решением Святейшего Патриарха и Священного Синода РПЦ училище было преобразовано в семинарию. Первым её ректором стал архимандрит Геннадий (Гоголев), выпускник С-Петербургской Духовной Академии 1994г. Основу учебного процесса в семинарии составляют программы, принятые в С.-Петербургской Духовной семинарии и Академии: догматическое, основное, нравственное и сравнительное богословие, литургика, история Русской Церкви, общая церковная история, история Поместных Церквей, история России, гомилетика, практическое руководство для пастырей, философия, церковное пение, катихизис, библейская история, церковное краеведение, церковно-славянский, древне-греческий, латинский, английский, русский языки, логика.Но есть и особые дисциплины: курс русской литературы читает известный во всей России, костромич, профессор Ю.В.Лебедев.С 2000г. введён курс педагогики. К семинарии причислен храм прп. Алексия, человека Божия. (ул. Катушечная,14, контактный телефон:55-95-73) На пастырском отделении в настоящий момент обучается 65 чел., на регентском отделении - 25 воспитанниц. Преподавателей - 40 чел., из них кандидатов богословия - 4.