Первое упоминание церкви Спаса относится к 1628 году. Это была деревянная церковь, которая сгорела во время великого пожара 1773 года. В 1766 году на средства костромского купца Стефана Семеновича Белова была выстроена новая каменная церковь. Ее расписывали мастера из посада Большие Соли костромского уезда (либо Е. С. Сорокиным, либо — Г. Демидовым), имеющие академическое образование. А в 1794 году архитектор С.А.Воротилов спроектировал и построил колокольню. Она выглядела следующим образом: портик, обращенный к Волге и большая колокольня над аркой. У колокольни было четыре яруса, один из которых был частью здания рядов. В нем была сделана широкая проездная арка. С.А.Воротилов построили колокольню в стиле классицизма с элементами позднего барокко. Она украшает ряды, придает им вид торжественности и изящества.
Храм Спаса имеет два престола: первый – во имя Всемилостивого Спаса, второй – в честь Покрова Пресвятой Богородицы. Главные святыни храма – икона Происхождения честных древ Животворящего Креста Господня и икона святых мучеников Гурия, Самона и Авива (местночтимая). Икона Происхождения честных древ Животворящего Креста Господня поражает своим великолепием и красотой. Она украшена золотом, серебром, жемчугом и драгоценными камнями.
Как и многие церкви, храм Спаса бал закрыт в начале 20 века. Его сначала переоборудовали под антирелигиозный музей города Костромы, и здесь находился центр антирелигиозной пропаганды. В 1931 году Наркомпрос приказал уничтожить колокольню и церковные купола. Колокольня была разобрана до первого яруса, а вместо музея в церкви устроили склад. Позже, в 1974 году церковь Спаса в рядах включили в план реставрационных работ, которые были успешно завершены в начале восьмидесятых годов. А в конце восьмидесятых годов она была отдана под выставочные залы Костромскому историко-архитектурному музею-заповеднику. В 1992 году Костромская епархия содействовала установлению колоколов на колокольню храма. По проекту архитекторов Л.С.Васильева и В.С.Шапошникова колокольня была восстановлена и колокола водружены на место. С этого времени, ежедневно, в полдень над центральной частью Костромы звучит колокольный звон.
До 2007 года церковь Спаса в рядах принадлежала музею. Сейчас она передана верующим и в ней теперь ведутся службы.